Asal-usul nama Indonesia mulai dikenal pada medio tahun 1800-an. Menurut sejarawan Universitas Oxford, Peter Carey, nama Indonesia muncul dan diperkenalkan James Richardson Logan (1819-1869) tahun 1850 dalam Journal of Indian Archipelago and Eastern Asia.
Logan adalah orang Skotlandia yang menjadi editor majalah Penang Gazette, wilayah Straits Settlement-kini Negara Bagian Penang, Malaysia-yang bermukim di sana kurun waktu 1842-1847.
"Nama yang diperkenalkan adalah Indonesia untuk menyebut Kepulauan Hindia yang waktu itu merupakan jajahan Belanda sehingga disebut Hindia-Belanda," kata Carey.
Bangsa Eropa mengenal dua wilayah Hindia, yakni Hindia-Barat, yaitu wilayah Kepulauan Karibia yang ditemukan Christopher Columbus yang semula diyakini sebagai wilayah Hindia (India)-pusat rempah-rempah yang dicari orang Eropa.
Sesudah ekspedisi Vasco da Gama dan Magellan, ditemukanlah Hindia Timur, yakni Kepulauan Nusantara, yang merupakan pusat rempah-rempah yang selama berabad-abad dicari orang Eropa. Wilayah Nusantara tersebut merupakan persimpangan peradaban dan pengaruh budaya India dan Tiongkok sehingga ilmuwan Perancis, Dennis Lombard, menyebutnya sebagai carrefour de civilization atau silang budaya.
Sejarawan Yayasan Nation Building (Nabil), Didi Kwartanada, menambahkan, informasi tentang seorang priayi Inggris, George Samuel Windsor Earl (1813-1865), dalam karya ilmiah berjudul On The Leading Characteristics of the Papuan, Australian and Malay-Polynesian Nations (1850) mengusulkan sebutan khusus bagi warga Kepulauan Melayu atau Kepulauan Hindia (Hindia-Belanda) dengan dua nama yang diusulkan, yakni Indunesia atau Malayunesia.
Tokoh lain yang disebutkan Peter Carey dan Didi Kwartanada adalah ilmuwan Jerman, Adolf Bastian (1826-1905), Guru Besar Etnologi di Universitas Berlin, yang memopulerkan nama Indonesia di kalangan sarjana Belanda.
Bastian memopulerkan nama Indonesia dalam bukunya berjudul Indonesien; Oder Die Inseln Des Malayischen Archipel terbitan 1884 sebanyak lima jilid. Buku tersebut memuat hasil penelitiannya di Nusantara dalam kurun 1864-1880. Menurut Carey, Bastian membagi wilayah Nusantara dalam zona etnis dan antropologi.